1963年 (昭和38年) 10月1日、両国〜館山間に、キハ58系を使用して全車座席指定席の準急列車を新設。よって自由席のみの編成であった「内房」と愛称の区別をする必要があったことから、「さざなみ」と名づけられる。
1972年（昭和47年）7月15日、総武本線東京駅開業。
同時に線名を房総西線から内房線に改める。この際、特急「さざなみ」の運行を定期列車3往復・季節列車5往復で開始。
運行当初の「さざなみ」は、新宿・東京〜館山・千倉間(季節列車のうち1往復は八王子発着)を中央本線・総武本線・内房線経由で運行。新製された183系を使用した。当時としては短距離を運行する特急で、単なる料金値上げだという非難を浴びたこともあった。
なお、この列車は同年10月のダイヤ改正でエル特急に指定された。
1982年（昭和57年）11月15日、急行「内房」など房総地区の急行列車全廃。代替として、「さざなみ」に両国発着列車を設定。
1985年（昭和60年）3月14日、定期として「さざなみ」の新宿及び両国発着列車を全廃。
1993年（平成5年）7月2日、千倉発着列車の一部を255系による「ビューさざなみ」とする。同時に「ホームタウンさざなみ」・「おはようさざなみ」として、君津発着列車を運行開始。
2000年（平成12年）12月2日、「ビューさざなみ」の館山〜千倉間を臨時列車に格下げ。
2002年（平成14年）12月1日、JR東日本が管内からエル特急の呼称を全て廃止、「さざなみ」・「ビューさざなみ」も対象に。
2004年（平成16年）10月16日、E257系を「さざなみ」に導入。また「ホームタウンさざなみ」・「おはようさざなみ」の名称を廃止し、E257系による列車を「さざなみ」、255系による列車を「ビューさざなみ」と名称を統一。
2005年（平成17年）12月10日、ダイヤ改正と合わせ列車名を「さざなみ」に統一し、「ビューさざなみ」の呼称廃止。さらに、君津発着列車の4本を館山まで延長し、10両編成列車を大幅増加。その一方で、昼間時間帯の列車は臨時列車に格下げになり、255系電車の運用も減少。また、全ての房総方面の特急列車を全車禁煙化。
現在、東京〜君津・館山間を京葉線・内房線経由で運行する特別急行列車として現役続行中。
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