1958年（昭和33年）10月1日東京〜鹿児島間で、
同区間を運行していた夜行急行列車「さつま」を格上げする形で「はやぶさ」の運行が開始。
これにより、「はやぶさ」は鳥栖駅以南の鹿児島本線を運行する初めての特急列車となりました。
1960年7月20日に20系客車を投入。同時に運転区間が東京〜西鹿児島間に変更。
1975年（昭和50年）3月10日山陽新幹線博多乗り入れに伴うダイヤ改正により、
使用車両を20系客車から24系24形客車に置き換え。
1984年（昭和59年）2月1日廃止されていた九州内でのブルートレインへのヘッドマーク取り付けが再開。
1999年（平成11年）12月4日利用者減に伴う運転系統整理により、
鳥栖まで寝台特急「さくら」との併結運転開始。
「さくら」は14系客車の6両編成、「はやぶさ」は24系客車9両で、東京〜鳥栖間の併結運転が行われました。
2005年（平成17年）3月1日のダイヤ改正で、「はやぶさ」は併結相手の「さくら」廃止に伴い、新たに東京〜 門司間で「富士」と併結する2階建て列車となりました。これに合わせて、使用車両を24系25形客車から14系客車に変更。
2009年（平成21年）3月13日始発駅を発車した列車をもって「富士」と共に廃止。
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