「富士」に歴史は、1912年（明治45年）6月15日、日本初の特別急行列車として1・2列車として始まりました。
この列車に「富士」の愛称が付けられたのは1929年（昭和4年）9月15日。
戦時中の運行休止からの復活は1961年（昭和36年）10月1日で、
東京〜神戸・宇野間の151系電車特別急行列車に「富士」と命名されました。
1964年（昭和39年）9月30日、翌10月1日に控えた東海道新幹線開業により、
東海道本線の電車特急は新幹線列車へ移行のため全廃され、昼行列車としての「富士」が廃止。
東海道新幹線の開業とともに、東京〜大分間を運行する寝台特急列車として、
20系を使用した「富士」の運行が新たに開始されました。
1年後の1965年（昭和40年）10月1日、運行区間を西鹿児島（現鹿児島中央）に延長し、
東京〜西鹿児島間1574.2kmを24時間以上かけて運行することから、日本最長運転の定期旅客列車となりました。
1975年（昭和50年）3月10日山陽新幹線博多駅乗り入れに伴うダイヤ改正により、
使用車両を24系24形客車に変更。
1976年（昭和51年）10月1日使用車両を24系25形客車に変更。
1980年（昭和55年）10月1日のダイヤ改正で、利用者の減少により運行区間を宮崎までに短縮され、
日本最長距離特急の座を「はやぶさ」（東京〜西鹿児島・鹿児島本線経由）に譲ることとなりました。
1985年（昭和60年）3月14日東京〜下関間の牽引機をEF66形に変更し、
同時にヘッドマークを円形から戦前の「富士」同様の山型のものに変更されました。
2005年（平成17年）3月1日のダイヤ改正で「はやぶさ」に併結していた「さくら」が廃止、
同時に「富士」は「はやぶさ」との併結列車となり使用車両は全車14系客車となりました。
2009年（平成21年）3月13日始発駅を発車した列車をもって「はやぶさ」と共に廃止。
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