1937年(昭和12年)7月、東海道本線の東京〜神戸間に特別急行列車「かもめ(漢字表記)」が設定されました。
1943年(昭和18年)2月、戦況の悪化に伴い廃止。
1953年(昭和28年)3月、山陽本線・鹿児島本線の京都〜博多間を結ぶ特急列車として「かもめ」を設定。
1961年(昭和36年)10月、特急用気動車キハ82系気動車を導入し、運行区間を京都〜長崎・宮崎間に変更。
1965年(昭和40年)10月、宮崎発着編成を鹿児島本線経由西鹿児島発着に変更。
1968年(昭和43年)10月、ヨンサントオと称されるダイヤ改正により、西鹿児島発着編成を「なは」に名称変更。
従来「いそかぜ」として運行していた筑豊本線・原田・佐世保線経由佐世保発着列車の名称を「かもめ」に変更。
これにより、京都〜長崎・佐世保駅間の運行となりました。
1975年(昭和50年)3月、山陽新幹線博多駅乗り入れに伴い「かもめ」は廃止となりました。
「かもめ」の復活は、1976年(昭和51年)7月1日、長崎本線・佐世保線全線電化により、
「出島」4往復を特急列車に格上げし、「かもめ」の愛称を与えエル特急に指定。
「かもめ」全列車が「みどり」との併結運転となったのは、1978年(昭和53年)10月2日のダイヤ改正。
1989年(平成元年)3月11日、2往復で783系電車(ハイパーサルーン)の使用を開始。
1996年(平成8年)3月16日、単独運転列車を783系、「みどり」併結列車を485系に統一。
2000年(平成12年)3月11日、上り1本を除く単独運転の列車で885系電車を用いた「白いかもめ」が登場、
単独の上り1本と「みどり」併結列車は783系の運用となりました。
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