歴史は古く、1950年(昭和25年)門司港〜熊本間に準急列車として運行開始。
特急列車「有明」の誕生は、1967年(昭和42年)10月1日ダイヤ改正時で、
門司港〜西鹿児島(現鹿児島中央)間を運行。
1970年(昭和45年)10月1日、鹿児島本線全線電化に伴い「有明」を581系・583系電車化。
1975年(昭和50年)3月10日、山陽新幹線博多駅乗り入れに伴うダイヤ改正を行い、
鹿児島本線線内昼行特急はすべて「有明」とし10往復体制なり「有明」をエル特急に指定。
「有明」の大幅増発により、山陽特急廃止により九州内に転属してきた481系・485系の使用が開始。
1987年(昭和62年)、豊肥本線水前寺駅乗り入れが開始。
電化されていない豊肥本線乗り入れに際しては、
普通列車扱いでDE10形ディーゼル機関車で牽引する形がとられた。
DE10-1755号機が国鉄特急色に塗り替えられ、専用機となった。
1988年(昭和63年)3月13日、28往復に増発され、一部列車に783系電車「ハイパーサルーン」の投入が開始。
1992年(平成4年)7月15日、「有明」の西鹿児島駅発着列車(14往復)を「つばめ」として系統分離、
1往復に787系の投入開始。
これにより「有明」の運行区間が博多〜熊本・八代・水俣・水前寺となった。
2000年(平成12年)3月11日27往復に増強、787系に統一。
2011年(平成23年)3月12日九州新幹線鹿児島ルート全線開通によるダイヤ改正で、
通勤・通学対応や新幹線の運行時間の兼ね合いから、博多〜長洲間下り3本・上り2本(上り1本は博多駅から普通列車として吉塚駅まで乗り入れ)、博多〜熊本間1往復、計下り4本・上り3本の運行で存続。
一部列車を783系での運行とする。787系での運用はDXグリーン車連結の6両編成に統一。
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